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全自動高通量植物3D成像系統(tǒng)——Greenhouse Scanalyzer Systems

2018-03-07打印閱讀次數(shù):2246返回
    全自動、高通量對大量植株進(jìn)行3D成像,從幼苗到成株即可

植物表型和生理研究的強(qiáng)大助手

遺傳育種、突變株篩選、表型篩選的強(qiáng)大工具

植物表型和生理研究的強(qiáng)大助手

遺傳育種、突變株篩選、表型篩選的強(qiáng)大工具

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小型版

只能自動傳送10盆植物,需手動更換花盆

大型定制版(溫室版)

可自動傳送1200盆植物的系統(tǒng)

 

        全自動高通量植物3D成像系統(tǒng)——Greenhouse Scanalyzer Systems是一套可以全自動、高通量對大量植株(從幼苗到成熟植株即可)進(jìn)行成像的系統(tǒng),可以選擇配置可見光(VIS)成像、近紅外(NIR)成像、紅外(IR)成像、PSII熒光成像、高光譜成像和根系近紅外成像中的一種或多種,每個成像模塊包括頂部和側(cè)面兩個攝像頭,結(jié)合樣品旋轉(zhuǎn)裝置,就可以對植株進(jìn)行3D形態(tài)學(xué)分析。如果做小植株(15 cm以下),也可選配激光掃描3D成像。每一種成像模塊都有單獨(dú)的成像區(qū)域(“暗房”),依次進(jìn)行成像分析。

 

  • 3D成像

        可選VIS、NIR、IR、根系NIR成像、PSII熒光成像、高光譜成像中的一種或多種,每種成像有獨(dú)立的攝像區(qū)域(“暗房”),每個“暗房”的頂部和側(cè)面各安裝一個攝像頭(拍攝頂部和側(cè)面成像)。花盆底座有旋轉(zhuǎn)裝置,可以360度旋轉(zhuǎn),這樣可以獲得植株4個側(cè)面的成像信息。結(jié)合頂部成像,可以獲得完整的植株3D成像信息。

        針對15 cm以下的小植株,可以選擇配置激光掃描3D成像,獲得詳細(xì)的三維形態(tài)學(xué)信息。 

  • 自動傳送

        系統(tǒng)帶自動傳送裝置,所有花盆上都有電子標(biāo)簽,所有拍攝數(shù)據(jù)根據(jù)電子標(biāo)簽歸檔??蛇x傳送10、105、300、456、1200盤或更多盆的傳送裝置,花盆和植株的重量可以為5 kg或10 kg,更重需要定制。 

  • 自動澆水和稱重裝置

        在溫室系統(tǒng)中,可增加自動澆水和稱重裝置,軟件控制對不同編號的花盆采用不同的澆水量,并每日對花盆進(jìn)行稱重。 

  • 自動加營養(yǎng)鹽裝置

        在溫室系統(tǒng)中,與自動澆水裝置結(jié)合,可以在澆水的同時補(bǔ)充營養(yǎng)鹽。 

  • 自動噴淋裝置

        在溫室系統(tǒng)中,根據(jù)電子標(biāo)簽由軟件控制是否噴灑農(nóng)藥,可用于檢測農(nóng)作物對農(nóng)藥的抗性或敏感性。 

  • 自動分選

        在溫室系統(tǒng)中,只要在傳送裝置上增加多級T-Junction(丁字路口),就可根據(jù)成像結(jié)果對大批量的植株進(jìn)行分選,分選用的閾值參數(shù)可以由用戶設(shè)定,分選級數(shù)取決于T-Junction的數(shù)目。 

  • 服務(wù)器存儲

        由于數(shù)據(jù)量非常大,本系統(tǒng)必須用服務(wù)器存儲數(shù)據(jù)。 

  • 軟件分析

        軟件分析功能非常強(qiáng)大,可以通過植株的編號(電子標(biāo)簽)調(diào)出整個生活史的數(shù)據(jù),進(jìn)行時間動力學(xué)分析,對拍攝的照片進(jìn)行動畫演示,對同一植株的時間動力學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行圖表統(tǒng)計(jì)分析,對不同植株的數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析和圖表分析。 

  • 遠(yuǎn)程管理

        通過專用遠(yuǎn)程服務(wù)器管理軟件,可以在異地對本系統(tǒng)的運(yùn)轉(zhuǎn)狀況進(jìn)行監(jiān)測、改變測量程序或分析測量數(shù)據(jù)。

 

 

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LemnaTec 3D系統(tǒng)視頻

  

要功能

全自動、高通量對植物等小型樣品進(jìn)行可見光成像、近紅外成像、根系近紅外成像、高光譜成像、紅外成像、熒光成像(包括整株GFP成像)和/或激光掃描3D成像(每套系統(tǒng)可選擇一種或多種)

通過可見光成像可以測量植物的結(jié)構(gòu)、寬度、密度、對稱性、葉長、葉寬、葉面積、葉角度、葉顏色、葉病斑、種子顏色、種子顏色面積等等50多個參數(shù)

通過近紅外成像可以分析植物的水分分布狀態(tài)、水力學(xué)研究、脅迫生理學(xué)研究等

通過根系近紅外成像分析植物根系和土柱中的水分分布情況

通過紅外成像可以進(jìn)行植物干旱脅迫研究、蒸騰研究等

通過熒光成像可以分析植物的生理狀態(tài)

通過高光譜成像可以測量一些特定的物質(zhì)的量和歸化指數(shù)

 

應(yīng)用領(lǐng)域

植物生理學(xué)、農(nóng)業(yè)科學(xué)、植物病理學(xué)、遺傳育種、突變株篩選、植物形態(tài)建模、種子生理學(xué)、種子病理學(xué)、植物脅迫生理學(xué)、植物水力學(xué)等研究領(lǐng)域。

 

 

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可以自動傳送10盆植物的小型系統(tǒng)T-Junction分選
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自動灌溉裝置側(cè)面、側(cè)面旋轉(zhuǎn)90度和頂部成像

  

應(yīng)用實(shí)例

植物顏色分類

        植物的顏色是反映植物健康狀態(tài)的關(guān)鍵指標(biāo)之一,而人肉眼對顏色的敏感度較低,存在較大的視覺誤差。利用Scanalyzer系統(tǒng)可以在拍攝植物可見光照片的基礎(chǔ)上,通過軟件對獲得的顏色信息進(jìn)行銳化處理,從而使原本肉眼不易區(qū)分的顏色差別,顯著的區(qū)分開來。

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植物骨架/結(jié)構(gòu)分析

        植物骨架和架構(gòu)信息,是非常典型的植物表觀信息,是農(nóng)業(yè)信息學(xué)的重要研究內(nèi)容。對于雜交育種而言,Scanalyzer系統(tǒng)有助于快速進(jìn)行表型篩選,也可用于了解整個生活史以及受到脅迫后的骨架/結(jié)構(gòu)變化。

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植物形態(tài)學(xué)分析

        成像后,通過LemnaTec公司專業(yè)的軟件工程師團(tuán)隊(duì)開發(fā)的軟件,可以對植物進(jìn)行詳細(xì)的三維形態(tài)學(xué)分析。對于所拍攝的每一張圖片,都可獲得多個形態(tài)學(xué)參數(shù)。

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估算生物量

        通過頂部成像和多個側(cè)面成像,可以獲得植物X、Y、Z三個軸的信息,根據(jù)各個方向的葉面積、莖長、莖寬、葉長、顏色等來估算植物的生物量。實(shí)驗(yàn)證明這種估算的生物量與實(shí)際生物量有非常好的線性關(guān)系。

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利用近紅外(NIR)成像分析植株和土壤的水分利用情況

        近紅外成像可以直觀的反映植物不同部位的含水量,通過軟件處理加上代表不同含水量的顏色后,可以非常直觀的看出不同處理下植株不同部位的含水量變化。如果植物是生長在專用土柱中,還可以對植物根系和土壤的含水量變化進(jìn)行定量分析。

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注:LemnaTec公司設(shè)計(jì)的土柱筒,是透明聚丙烯塑料材質(zhì),內(nèi)裝自然土壤,高50 cm,直徑5、8或10 cm,裝土1.5  3.0  5.0 kg,底部有排水孔。培養(yǎng)時土柱外部套上不透明PVC管遮蔭,放置苔蘚和土壤藻類滋生,測量時將遮光管取下即可。

 

利用近紅外(NIR)成像分析NIR成像分析小麥干燥過程中含水量的變化

        本例是小麥在高溫處理下,植株含水量的時間動力學(xué)變化可以通過NIR成像直觀的反映處來,并進(jìn)行定量分析。

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利用紅外(IR)成像檢測植物溫度差異

        紅外成像,也叫熱成像,用于檢測植株的溫度變化。由于植株溫度與植物的蒸騰作用和含水量密切相關(guān),因此紅外成像常用于干旱脅迫研究、群體蒸騰等領(lǐng)域。

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利用紅外成像反映小麥氣孔的關(guān)閉

        照光時氣孔開放,葉片進(jìn)行蒸騰作用。關(guān)光4 min后就檢測到葉片溫度的顯著上升,說明氣孔開始關(guān)閉。Scanalyzer 3D系統(tǒng)可以非常靈敏的檢測氣孔狀態(tài)。

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靜態(tài)根密度分析

        Scanalyzer 3D系統(tǒng)可以拍攝生長在土柱中的植物根系可見光照片,軟件自動分析土柱表層的根系。由于土柱的運(yùn)輸車下自帶程序控制的旋轉(zhuǎn)臺,就可以通過軟件控制自動順序旋轉(zhuǎn)90度角來完成4個不同側(cè)面的成像,獲得更完善的根系信息。

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根系動態(tài)生長分析

        Scanalyzer 3D系統(tǒng)可以全自動、高通量的拍攝植物根系照片,結(jié)合電子標(biāo)簽,就可以對特定編號的植物根系數(shù)據(jù)進(jìn)行時間動力學(xué)分析。從下圖中的結(jié)果可以看出,從第35-100天,根生長最快,從表層有大量的根往下生長,從第35-60天,澆水過量,導(dǎo)致底部很多根死亡。

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鑒定非轉(zhuǎn)基因植物

        噴灑農(nóng)藥后,沒有轉(zhuǎn)入抗農(nóng)藥基因的植物,可以通過顏色鑒定出來。

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植物個體和群體的形態(tài)學(xué)應(yīng)用舉例

        Scanalyzer 3D成像系統(tǒng)可以獲得大量的形態(tài)學(xué)參數(shù),并且針對不同的材料,可以獲得有針對性的參數(shù)。下面是幾個例子:

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物開花過程的動態(tài)監(jiān)測

        由于絕大多數(shù)植物的花的顏色與莖葉不同,利用Scanalyzer 3D成像系統(tǒng)的高通量、全自動、帶電子標(biāo)簽的特性,就可以自動監(jiān)測植物是否開花、開花時間、花朵數(shù)目、花朵發(fā)育階段、花敗時間等信息。

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